Trabajamos conjuntamente con las áreas protegidas de la región Amazónica. El Parque Nacional Natural Serranía de Chiribiquete es nuestro punto focal, pero también apoyamos procesos en áreas protegidas de las cuencas bajas de los ríos Caquetá y Putumayo (Parques Nacionales Naturales Cahuinarí, Yaigoje Apaporis, Río Puré y Amacayacu), desarrollando acciones que contribuyan a su conservación, manejo y conectividad.
En estos dos paisajes apoyamos asociaciones indígenas y resguardos relacionados con las áreas protegidas (Asociación de Autoridades Tradicionales Indígenas PANI y Resguardo Curare Los ingleses) con el fin de fortalecer la gobernanza en sus territorios a través de estrategias de manejo comunitario.
Nuestro trabajo en las cuencas bajas de los ríos Caquetá y Putumayo tiene la característica de conectar con áreas protegidas del Perú, donde la FZS tiene una trayectoria de trabajo muy importante, para sumar a la consolidación de dicho corredor biológico, ecológico y cultural de valor incalculable para la humanidad.